מועצות החלב בעולם, כמו גם בישראל, מעודדות מחקר ומעניקות מלגות למחקרים בתחומי החלב. למועצת החלב שתי קרנות מחקר, קרן מחקר למדעי הבקר המנוהלת על ידי המדען הראשי במשרד החקלאות.
הקרן עוסקת בעיקר במחקר יישומי שמטרתו לתת כלים טובים יותר לרפתן בעבודתו ולשפר את איכות החלב בישראל. הקרן השנייה, הינה קרן להשפעת חלב ומוצריו על בריאות האדם, המנוהלת על ידי המדען הראשי של משרד הבריאות.
המועצות אינן מנהלות את המחקרים או מעורבות בתוצאותיהן. לראייה, מחקר שפורסם באחרונה, בנושא אי סבילות ללקטוז, מומן בידי מועצת החלב, והוצג ככזה, ותוצאותיו מדברות על רגישות ללקטוז בקרב אחוז גבוה באוכלוסייה.
חלק גדול מהקידמה המדעית ומהתגליות החשובות, מקורן במחקרים ממומנים. הדבר אינו מוריד כהוא זה מערכן המדעי, מהמתודולוגיה שלהן וממהימנותן. את המחקר מתכננים, מנהלים וכותבים אנשי מדע בלתי תלויים.
מעבר לכך, לא כל המחקרים ממומנים בידי חברות המזון. לדוגמה, ה-WCRF/AICR (World Cancer Research Fund וAmerican Institute for Cancer Research) עדכנו באחרונה את המלצותיהם לגבי מזון, תזונה ופעילות גופנית העשויים למנוע סרטן, ובכלל זה המלצות לצריכה של 3 מנות של מוצרי חלב דלי שומן ביום.
המלצות אלה, שאינן תלויות בגוף מסחרי כלשהו, מתפרסמות בדוחות מקיפים ומתבססות על סקירה נרחבת של הידע המדעי הקיים בתחום.